近视手术主要有两个步骤：一是制作角膜瓣，二是进行角膜基质层切削。全飞秒全程不需要制作掀开式角膜瓣，而是用全飞秒激光治疗仪，在角膜内部通过二次深度不同的层间爆破，将要切削的角膜基质完整塑形制作成透镜，透镜直接取出即可。半飞秒先由飞秒激光设备制作掀开式角膜瓣，再用准分子激光进行角膜切削。

手术切口大小不同，全飞秒仅需要一个2mm的切口，保证医生可以取出微透镜即可。半飞秒因为需要制作一个角膜瓣，并掀开角膜瓣对角膜基质层进行消融，因此飞秒激光的制作的角膜边缘切口有大约20mm的切口。

由于半飞秒的切口大，手术后当天要戴一个眼罩，避免角膜被无意中碰到掀开。全飞秒手术后不用戴眼罩。另外，在一些可能对眼睛产生冲击的运动项目中，比如蹦极、潜水、游泳等，全飞秒术后相对更为稳定，但半飞秒可能需要多多注意保护眼睛。